Saat Sri Sultan Hamengkubuwono I menduduki tahta kerajaan, beliau merasa terganggu dengan naik tahtanya Pangeran Sambernyawa dengan gelar KGPAA Mangkunegara I yang merupakan menantunya sendiri. Sultan ingin mengalahkan menantunya tersebut tetapi tanpa merasa membunuhnya, maka Sultan Hamengkubuwono meminta bantuan Kyai Syihabuddin. Kyai Syihabuddin menyatakan siap untuk melaksanakan tugas tersebut dengan dua syarat yaitu dipinjamkan Tombak Kyai Pleret yang merupakan pusaka dari Kraton Ngayogyakarta Hadiningrat dan dijadikan patih kraton. Oleh Sri Sultan Hamengkubuwono I syarat tersebut pun dipenuhi, untuk syarat yang kedua sendiri akan dipenuhi setelah Kyai Syihabuddin berhasil melaksanakan tugas tersebut. Posisi patih kraton sendiri memang sengaja diminta oleh Kyai Syihabuddin dengan tujuan untuk memperluas dakwah penyebaran agama Islam.

Singkat cerita, Kyai Syihabuddin mampu menyelesaikan konflik antara Sri Sultan Hamengkubuwono I dan Pangeran Sambernyowo tanpa melukai pangeran Sambernyowo. Namun, sekembalinya Kyai Syihabuddin, Sri Sultan Hamengkubuwono I mendapatkan wangsit berupa lanceng putih (semacam lebah kecil) yang berputar-putar. Rupanya ini menandakan bahwa Sri Sultan Hamengkubuwana I tidak bisa memenuhi janjinya menjadikan Kyai Syihabuddin menjadi patih karena pada saat itu posisi tersebut telah ditempati oleh Kiai Raden Adipati Yudonegoro (Bupati Banyumas) yang kemudian bergelar Kanjeng Raden Adipati Danurejo I.

Guna mengobati kekecewaan,  Sri Sultan Hamengkubuwono I kemudian mengangkat Kyai Syihabuddin sebagai penghulu kraton yang pertama. Tetapi, Kyai Syihabuddin memegang jabatan tersebut tidak lama karena kecewa terhadap Sultan Hamengkubuwono I. Karena kekecewaannya tersebut Kyai Syihabuddin mendapat julukan Kyai Dongkol (kecewa). Karena perubahan ucapan, nama Kyai Dongkol berubah menjadi Kyai Dongkel, kemudian tempat tinggal beliau disebut Dongkelan.

Setelah tidak lagi menjabat sebagai penghulu kraton, Sri Sultan Hamengkubuwono I kembali memberikan jabatan kepada Kyai Syihabuddin sebagai pejabat pathok negoro dan diperintahkan untuk mendirikan masjid pathok negoro. Namun untuk mendirikan masjid tersebut terdapat syarat yaitu posisi masjid harus menyeberangi sungai atau tidak sejajar dari posisi Kraton Ngayogyakarta Hadiningrat yang mengakibatkan harus hijrah-nya Kyai Syihabuddin dari tempat tinggal asalnya yang berada di Dongkelan menuju Dongkelan Kauman yang berada di barat Sungai Winongo.

Versi 2 (Sumber: Cerita Masyarakat Dongkelan)

Di era awal pembangunan Kraton Ngayogyakarta Hadiningrat, terdapat seorang kyai yang bernama Kyai Nurdin yang bertempat tinggal di wilayah timur Sungai Winongo (tepatnya di Pedukuhan Dongkelan). Kyai yang gemar berdakwah menyebarkan agam Islam ini mempunyai pengikut yang banyak dari daerah-daerah lain. Suatu saat, Kyai Nurdin ini berpindah tempat tinggal menuju barat Sungai Winongo.

Setelah kepindahannya, selang beberapa saat akhirnya Kyai Nurdin wafat. Terjadilah perebutan pemikiran untuk mengebumikan Kyai Nurdin oleh para pengikutnya. Masyarakat yang berada di timur Sungai Winongo kemudian memutuskan untuk memakamkan jenazah Kyai Nurdin di tempat tinggal asalnya. Seusai dimakamkan, tak berapa lama kemudian jenazah yang dikebumikan tersebut diambil dengan cara men“dongkel” makam Kyai Nurdin. Upaya ini dilakukan dengan membuat terowongan bawah tanah dari Dongkelan Kauman menuju Dongkelan.

Setelah diketahui makam tersebut kosong, kemudian petilasan makam tersebut ditanami pohon preh guna mengingat kejadian tersebut dan dibuatkan kijing sebagai penanda dan kini dikenal sebagai makam Mbah Kyai Dongkel.